按照“先節水后調水、先治污后通水、先環保后用水”的原則，圍繞南水北調東線水源區保護和建設調水沿線“清水走廊”的目標，在國務院南水北調辦的協調下，國務院有關部門各司其職、各負其責指導地方開展治污工作。江蘇、山東兩省樹立環保優先的發展理念，落實治污的主體責任。
江蘇省將調水源頭取水口劃為飲用水源保護區，實施農業面源污染控制、引江河道與濕地保護、生態林網與生態廊道、生態環境監測預警系統建設，并在輸水沿線地區建設生態農業示范縣。
此外，山東、江蘇兩省繼續加大工業結構調整力度，深化工業點源污染防治，提高工業廢水達標排放率。根據轄區內河流環境容量，嚴把新建項目審批關，提高環境準入門檻，從源頭上控制污染源。關閉多家不符合國家產業政策、規模小、效益低、污染重的造紙、釀造、化工、印染等污染企業。提高部分行業污染物排放標準，限制高污染行業。在調水沿線重點污染源安裝在線監控裝置，嚴格污染物總量監測。目前，兩省已完成污染治理的工業企業廢水達標排放率在９０％以上。
當過濾到一定時間后，隨著濾袋表面的粉塵增加，
除塵器阻力上升，當阻力上升到一定數值時，電氣控制系統發出清灰信號，出口支管氣管從袋口噴入，濾袋急速擴線，
濾袋外表面的粉塵被攔落下來，落入下部錐形灰斗，最后一個脈沖閥噴吹結束，高爐煤氣干法
脈沖袋式除塵器繼續保持靜止狀態，使筒體內較細的粉塵有一個靜止沉降的過程，此過程結束，出口支管氣動蝶閥和上球閥開啟，除塵器進入正常過濾狀態，同時下部球閥開啟經葉輪給料機，完成了一個箱體的清灰過程，上述過程中各個閥門的開啟與關閉，單箱體相對粉塵濃度的測試，都由PLC系統控制，這樣周而復始的工作，荒煤氣得到凈化。
根據山東、江蘇兩省關于南水北調水污染防治工作階段性目標的自查報告及基礎檔案中提供的數據，與２０００年規劃年相比，２００７年ＣＯＤ入河量下降了２９萬噸，下降了８０％；氨氮入河量下降了２．８２萬噸，下降了８４％，考核斷面水質提高幅度大，污染物入河量削減明顯。
